银杏的学名为Ginkgo biloba L.，系瑞典植物学家林奈（Linnaeus）于1771年根据肯普弗（E.Kaempfer）的材料定名。银杏是银杏目中仅存的代表树种，是我国特有的珍贵树种之一，是现存植物中最古老的裸子植物。银杏生存发展的历史悠久而又曲折，辉煌而又多舛。
多数植物学家认为，银杏类植物的发生始自古生代的上石炭纪（距今约28－35亿年），银杏目可能由科狄达目（Cordaitales）演进而成，或与之同源。科狄达目系远古的一种乔木，高达二三十米，在石炭纪时代极为繁茂。古生代上石炭纪的银杏类植物代表是二歧叶属，其营养枝和木质部极近似于当前的银杏目。在古生代二叠纪出现了毛状叶属，该属的叶子比二歧叶属更细长。
古生代下二叠纪至下白垩纪出现了楔拜拉属，该属具有典型银杏目的特征，极像原始状态的银杏。中生代三叠纪起，又出现了茨康叶属、拜拉属、拟刺葵属、舌叶属、哈兹属、似管状叶属等。中生代侏罗纪后，地球上的气候渐趋干旱，银杏类植物急剧分化，银杏家族中又增添了似银杏属、假托勒里叶属、浆叶属和银杏属。
晚侏罗纪至早白垩纪是银杏目的全盛期，银杏类植物有20余属150余种，广泛分布在亚洲、欧洲、美洲、非洲、大洋洲等许多地区。仅在中国发现的就有10多个属100余种，占银杏类植物的近三分之二。从中生代白垩纪至新生代第三纪早期，北半球许多地区发生山脉隆起和海底上升成为陆地的地质运动，气候发生巨大变化，银杏类植物在世界各地进入极衰时期，银杏类家族中大多数属种由于气候转冷而相继消失，只剩下银杏属和似银杏属。
到了新生代的第三纪末和第四纪初，地球气候剧变，进入冰川期和间冰川期，地球上的动植物发生了根本性变化，银杏类植物在欧洲及北美各地荡然无存，在亚洲也濒临绝迹。只有银杏属中的银杏，作为银杏类植物的杰出代表，以其顽强的生命力和适应能力历尽沧桑；同时因为我国位于亚洲大陆的东北端，山脉大多为东西走向，银杏得以在中国亚热带山岳地区有了避难所。后来，银杏又由中国向世界各地传播扩展。
2003年6月19日出版的英国《自然》杂志发表了中国科学家一项研究成果发现了银杏演化史中一个缺失的链环。中国科学院南京地质古生物研究所周志炎院士和沈阳地质矿产研究所郑少林研究员通过合作研究，发现辽宁西部义县早白垩纪(距今12亿年前)具有繁殖器官的银杏化石，从而填补了银杏演化历史中一段长达1亿多年的空白。
辽宁早白垩纪银杏化石的形态介于已知最古老的银杏和现存的银杏之间，但更接近于现存银杏。它不仅是一个缺失的链环，而且显示出12亿年以来银杏在演化中的滞迟现象。科学家称这一发现是银杏研究的重要里程碑。